İçimizdeki Hapishane, siyasi mahpusların yaşamını, hapishanelerdeki koşulları ve bu koşulların insan psikolojisi üzerindeki etkilerini farklı mekânlar ve süreçler üzerinden incelemektedir.  
Aytekin Yılmaz, kişisel deneyimlerinden ve gözlemlerinden yola çıkarak, mahpusların hapishane ortamında yaşadığı zorlukları, içsel çatışmalarını ve dış dünya ile bağlantılarını kaybetme sürecini çarpıcı biçimde işlemektedir.  
Yılmaz, sol/sosyalist ve kollektivist örgütlerin hapishane içindeki deneyimlerinin hem bireysel hem de sosyal düzeyde nasıl bir "labirent" oluşturduğunu ve bu labirentten çıkışın ne kadar zor olduğunu kendi tanıklıkları ve mahpus insan hikâyeleri üzerinden değerlendirmektedir. 
Kitap, hapishane deneyimlerinin derin etkileri altında insanın dış dünya ile kurduğu bağlantının sınırlarını, bu sınırların ötesinde arayışları ve varlık mücadelesini özgün bir biçimde anlatmaktadır.  
İçimizdeki Hapishane, her yönüyle Türkiye'deki politik hapishane kültürü hakkında kapsamlı bir rapor ve belge niteliği taşımaktadır.
"Koğuşlarda kurdukları iktidar alanlarının dışarıda da olduğunu sanan ve buna inanmış olanlarla aynı hapishanede kalmak insanı ürkütüyor bazen. 
Oysa dışarısı çökerse içerisi yıkılır. Bu gerçeği bilerek içerisini hiçbir zaman abartmadım."